Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam là tổ chức trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về địa chất và khoáng sản trong phạm vi cả nước; quản lý và tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Tổng cục theo quy định của pháp luật.

Trích Quyết định số 48/2017/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ban hành ngày 12 tháng 12 năm 2017 về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường: 11 tổ chức giúp việc Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; 14 tổ chức là các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.

Các Phó Tổng cục trưởng và 11 các tổ chức giúp việc Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước: 1. Vụ Địa chất; 2. Vụ Khoáng sản; 3. Vụ Chính sách và Pháp chế; 4. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế; 5. Vụ Kế hoạch - Tài chính; 6. Vụ Tổ chức cán bộ; 7. Văn phòng Tổng cục; 8. Cục Kinh tế Địa chất và Khoáng sản; 9. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Bắc; 10. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Trung; 11. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Nam;

Trải qua hơn 73 năm, cho đến nay, Ngành Địa chất và Khoáng sản Việt Nam đã trưởng thành và phát triển với nhiều giai đoạn lịch sử khác nhau với cơ cấu tổ chức, tên gọi khác nhau.

Văn phòng Tổng cục là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam có chức năng tham mưu giúp Tổng Cục trưởng thực hiện quản trị hành chính văn phòng, tổng hợp các thông tin hoạt động chuyên môn, quản lý công nghệ thông tin và công tác thi đua khen thưởng của Tổng cục; quản lý kế hoạch, tài chính, quản trị công sở của Cơ quan Tổng cục. Văn phòng Tổng cục có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật.

Văn phòng Tiếp nhận và Trả kết quả đặt tại Vụ Khoáng sản - Tổng Cục Địa chất và Khoáng sản; Văn phòng Tiếp nhận và Trả kết quả được sử dụng con dấu của Tổng Cục để thực hiện nhiệm vụ theo quy định của Pháp luật.

Vụ Địa chất là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, có chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước công tác điều tra cơ bản địa chất về khoáng sản.

Vụ Khoáng sản là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng về cấp phép hoạt động khoáng sản, đóng cửa mỏ khoáng sản.

Vụ Tổ chức cán bộ là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, có chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý tổ chức bộ máy, biên chế; thực hiện chế độ tiền lương và các chính sách, chế độ đãi ngộ, kỷ luật; phòng, chống tham nhũng; bồi dưỡng về chuyên môn, nghiệp vụ đối với công chức, viên chức.

Vụ Kế hoạch -Tài chính là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, có chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý, chỉ đạo thực hiện công tác kế hoạch, tài chính, kế toán, thống kê và đầu tư phát triển.

Vụ Hợp tác Quốc tế và Khoa học, Công nghệ là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý khoa học, công nghệ và hợp tác quốc tế lĩnh vực địa chất, khoáng sản.

Vụ Chính sách và Pháp chế là tổ chức thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sảnthực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lýcông tác pháp chế và đề xuất cơ chế chính sách lĩnh vực địa chất, khoáng sản.

Cục Kinh tế Địa chất và Khoáng sản là cơ quan trực thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý nhà nước về kinh tế địa chất và khoáng sản.

Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Bắc là cơ quan trực thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý nhà nước về kiểm soát hoạt động khoáng sản trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh, Cao Bằng, Hà Giang, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Điện Biên, Lạng Sơn, Sơn La, Lai Châu, Lào Cai, Yên Bái, Phú Thọ, Vĩnh Phúc, Hòa Bình, Bắc Giang, Bắc Ninh, Bắc Kạn, Hải Dương, Hưng Yên, Hà Nam, Nam Định, Thái Bình, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh.

Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Trung là cơ quan trực thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý nhà nước về hoạt động khoáng sản trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Gia Lai, Kon Tum và Đà Nẵng.

Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Nam là cơ quan trực thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Tổng Cục trưởng quản lý nhà nước về hoạt động khoáng sản trên địa bàn các tỉnh và thành phố trực thuộc Trung ương: Đăk Lăk, Đăk Nông, Lâm Đồng, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Bình Phước, Bình Dương,  Đồng Nai, Tây Ninh, Bà Rịa - Vũng Tàu, Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh đồng bằng Nam Bộ.